У 'Тхе Матрик Ресуррецтионс', Нео (Кијану Ривс) у почетку има исто путовање као оно које је имао у првом филму 'Матрикс'. Заробљен је у Матриксу све док му неко по имену Морфеус и девојка са тетоважом белог зеца не помогну да изађе. Али 4. део серије филмова „Матрикс“ је невероватно самосвестан. Тхомас Андерсон је светски познати дизајнер видео игара који ради за компанију Дуес Мацхина.
'Тхе Матрик' је трилогија игара које је креирао и мисли да је базирао Неа на себи, Тринити на удатој жени по имену Тифани, а Смит на његовој партнерки. Када стварност његових околности нападне овај измишљени свет Матрикса, Томас има оно што мисли да су ментални сломови. Касније се открива да су га људи дуго тражили, али раније нису могли да га пронађу јер се начин на који га остатак света види знатно разликује од његовог правог ја.
Томас је направио Модал или симулацију која се користи за развој програма и сакрио некога ко је мешавина Морфеуса и Смита. Овај нови Морфеус (Јахја Абдул-Матин ИИ) долази да га ослободи заједно са искљученим људима из стварног света и претвара Томаса, још једном, у Неа. Ако се питате да ли је преживео на крају 'Тхе Матрик Ресуррецтионс', покривамо вас. СПОИЛЕРС НАПРЕД.
Не, Нео не умире на крају 'Тхе Матрик Ресуррецтионс.' Након догађаја из 'Тхе Матрик Револутионс', у којима он умире, аналитичар (Неил Патрицк Харрис) је сакупио Неова и Тринити-ова тела и васкрсао их користећи Аномалеум. Убрзо је открио да ниједан од њих појединачно не вреди много. А када се повежу, догоди се катастрофа. Али ако их држи раздвојене, али довољно близу, емоција даје огроман излаз енергије. Ово је постао његов план у стварању новог приступа у стварању енергије за машине. Људи жуде за стварима које немају, а ипак се плаше да изгубе ствари које имају. То је постало сама дефиниција стварности. И то је тако добро функционисало да већина људи чак ни не напушта Матрикс.
Нео познаје овог аналитичара као свог терапеута, који му је давао плаве таблете да узима сваки дан. Након што је ослобођен симулације, Нео сазнаје да је прошло 60 година од његове и Тринитине смрти. Прави Морфеус је нестао , као и Сион. Али Ниобе (Јада Пинкетт Смитх) је ту, која је служила као генерал слободних људи и помогла у изградњи новог људског града, Ио. Мир за који су он и Тринити жртвовали своје животе постоји на начине које он никада није могао да замисли. Људи и посебна врста машина позната као Синтиенти сада раде заједно.
Док су га вадили из његове махуне, Нео је приметио да је и Тринити тамо. Он убеђује своје људске спасиоце, Бугс и њен тим, да му помогну да спасе Тринити из Матрикса. Касније то откривају Смит, који је заиста био Томасов партнер, такође је ослобођен . Нео се суочава са аналитичарем, који му даје ултиматум: преда се и врати у своју капсулу или ће убити Тринитија.
На крају, Нео добија помоћ од Ниобе и Сати, програма који је упознао пре свих тих година, заједно са њеним родитељима. Они одлучују да извуку Тринити из њене махуне. Међутим, Сати упозорава да, иако Тринити не мора да узима црвену пилулу ако је извађена на овај начин, то ипак треба да буде њен избор. И Тринити на крају бира Неа и слободу. Чини се да крај открива да су обојица део Једног. Тринити прво учи како да лети и спасава Неа. У последњој сцени, кажу Аналитичару да ће преправити свет пре него што заједно одлете .